O PEB oferece seu curso de doutorado para Mestres em Engenharia Biomédica ou para aqueles que possuem o mestrado em medicina, engenharia ou ciências exatas, biológicas ou da saúde. O ingresso ocorre no início de cada período letivo. Ao candidato, cujo mestrado não seja em Engenharia Biomédica, recomenda-se o ingresso no primeiro período letivo (março).